Les activitats JClic poden contenir tres tipus de missatges:

• un missatge inicial, que apareix quan comença l'activitat i sovint informa del que s'ha de fer;
• un missatge final, que es mostra només quan s'ha resolt l'activitat, i
• un missatge d'error, que pot aparèixer en les activitats que tenen limitats el temps o el nombre d'intents.
  

Aquests missatges poden contenir text, imatges, so, animacions, o bé una combinació d'aquests recursos.

Des de la pestanya Missatges de l'activitat, que és igual per a tots els tipus d'activitats, s'estableix quins missatges han d'aparèixer i quin contingut han de tenir.

Per editar un missatge primer s'ha d'activar marcant quins missatges ha de contenir l'activitat.

Un cop activats, l'espai de cada un dels missatges es comporta com una casella i clicant damunt seu s'obre la finestra de Contingut de la casella, des d'on s'estableix el contingut corresponent.

Aquesta finestra és la que apareix quan es clica a sobre de qualsevol casella, tant dels missatges com dels plafons, i conté les eines per introduir text i determinar el seu estil (tipus de lletra, color, mida, ombra,...), triar una imatge, establir un color o gradient de fons o determinar-ne un contingut actiu.